Blood:慢性淋巴细胞白血病Richter转化的基因组和转录组学特征

慢性淋巴细胞白血病(CLL)向高级别B细胞淋巴瘤的转化被称为Richter综合征(RS),较为罕见,而且这类患者的预后较差。在该研究中,研究人员对17位参与临床试验(CHOP-O)的患者的配对的血液循环中的CLL(PB-CLL)和RS活检组织(组织-RS)进行了全基因组测序(WGS)。研究流程结果显示,在组织-RS中,低风险CLL驱动和DNA损伤反应(DDR)通路上的基因突变有富集现象。此外,研究

豹耳健康 2020-12-25 18:02:52

慢性淋巴细胞白血病(CLL)向高级别B细胞淋巴瘤的转化被称为Richter综合征(RS),较为罕见,而且这类患者的预后较差。

在该研究中,研究人员对17位参与临床试验(CHOP-O)的患者的配对的血液循环中的CLL(PB-CLL)和RS活检组织(组织-RS)进行了全基因组测序(WGS)。

研究流程

结果显示,在组织-RS中,低风险CLL驱动和DNA损伤反应(DDR)通路上的基因突变有富集现象。此外,研究人员还筛选到了既往未在RS中报道过的遗传变异,包括蛋白酪氨酸磷酸化酶受体(PTPRD)和肿瘤坏死因子受体相关因子三(TRAF3)。

Richter综合征患者的SNV、InDel、CNA

在非编码基因组中,研究人员在组织-RS中发现了与AID相关和无关的kataegis,会影响关键免疫调节基因的调控区域。这些包括BTG2、CXCR4、NFATC1、PAX5、NOTCH-1、SLC44A5、FCRL3、SELL、TNIP2和TRIM13。

RS过程中体细胞突变的癌细胞比例值的变化

此外,PB-CLL对和组织-RS样本对的整体突变特征之间的差异表明,DDR是驱动CLL恶性转化的主要机制。基于信号通路的克隆反卷积分析显示,MAPK和DDR通路中的基因存在高克隆扩增可能性。通过RNA表达谱对来自独立队列的淋巴结-CLL和组织-RS对进行直接比较证实了相同信号通路的差异表达。

总而言之,该研究通过对WGS和RNA表达数据进行综合分析大大扩展了既往的靶向方法,打破了缺乏胚系样本的限制,有助于鉴定与RS转化有关的新型基因组关联,可提高新的治疗靶点。

原始出处:

Klintman Jenny,Appleby Niamh,Stamatopoulos Basile et al. Genomic and transcriptomic correlates of Richter's transformation in Chronic Lymphocytic Leukemia.[J] .Blood, 2020, 10.1182/blood.2020005650

文章来源 : 豹耳健康

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